Arrêts maladie : une nouvelle règle va limiter les prescriptions à 31 jours dès le 1er septembre, salariés et employeurs concernés

Le décret est paru samedi au Journal officiel, et il change une règle que beaucoup croyaient intangible, la durée d’un arrêt de travail ne sera plus totalement libre. À partir du 1er septembre 2026, un arrêt prescrit une première fois ne pourra plus dépasser 31 jours, et une prolongation sera plafonnée à 62 jours, sauf exception liée à l’état de santé.

Arrêts de travail plafonnés dès septembre 2026: 31 jours d’emblée, 62 en prolongation, ce qui change

Derrière ces chiffres, l’objectif affiché est de contenir la hausse des indemnités journalières versées par l’Assurance maladie. Le texte vise tous les professionnels habilités à prescrire, médecins, sages-femmes, chirurgiens-dentistes. Pour les salariés, les employeurs et les soignants, la question n’est pas théorique, il va falloir adapter des pratiques, des calendriers de suivi et parfois des organisations entières.

Le décret fixe 31 jours et 62 jours dès septembre 2026

Le cur du décret tient en une règle simple, à compter du 1er septembre 2026, la durée maximale d’un arrêt de travail est plafonnée à 31 jours lors de la première prescription. Si l’arrêt doit être prolongé, la prolongation est plafonnée à 62 jours. Le texte s’applique aux arrêts prescrits et renouvelés à partir de cette date, ce qui impose un repère clair pour les cabinets médicaux comme pour les services RH.

Le champ des prescripteurs est large. La limitation concerne les professionnels de santé amenés à prescrire des arrêts de travail, dont les médecins, les sages-femmes et les chirurgiens-dentistes. Dans la pratique, cela veut dire que la règle ne vise pas seulement la médecine générale, elle touche aussi des situations courantes, comme un arrêt lié à une grossesse pathologique suivi par une sage-femme, ou une intervention dentaire lourde avec complications.

Le texte prévoit des exceptions, et c’est un point central pour éviter une règle trop mécanique. Si l’état de santé du patient le justifie, un arrêt plus long reste possible. Dans ce cas, le prescripteur doit indiquer la raison sur l’avis d’arrêt de travail, en s’appuyant, si besoin, sur des recommandations médicales existantes. Sur le terrain, cela pourrait se traduire par des arrêts longs mieux documentés, avec une justification clinique plus explicite.

Ce plafonnement intervient alors qu’il n’existait pas, jusqu’ici, de durée maximale générale pour un arrêt maladie, même si des durées indicatives existaient selon les pathologies. Les assurés restent soumis à un autre plafond, déjà en vigueur, celui de 360 jours d’indemnités journalières sur 3 ans pour un arrêt classique. Le nouveau décret ne supprime pas ces règles, il ajoute une borne sur la durée prescrite à chaque étape.

La Sécurité sociale veut freiner la hausse des indemnités journalières

La logique financière est assumée, la dynamique d’augmentation des arrêts est jugée difficile à soutenir pour les finances publiques et, indirectement, pour les employeurs. L’idée est de mieux contrôler la trajectoire des dépenses d’Assurance maladie, en agissant sur un levier concret, la durée des prescriptions. Dans les discussions autour de la mesure, un constat revient, une part importante des coûts est concentrée sur les arrêts les plus longs.

Un chiffre résume ce déséquilibre, les arrêts de longue durée représenteraient 45 % de la dépense totale alors qu’ils ne pèseraient que 7 % du nombre d’arrêts. En plafonnant plus tôt, le gouvernement cherche à multiplier les points de passage médicaux, donc les réévaluations. Sur le papier, cela peut permettre de détecter plus vite un retour possible, un aménagement de poste, ou un basculement vers un autre dispositif.

Pour les assurés, la question n’est pas seulement combien de jours, mais comment je suis indemnisé. En 2026, l’indemnité journalière maximale est donnée à 41,95 bruts par jour. À cette mécanique s’ajoute le délai de carence de trois jours pour un arrêt classique, hors situations particulières. Le plafonnement de durée ne change pas directement le calcul de l’IJ, mais il peut modifier la fréquence des renouvellements, donc les démarches.

Il faut aussi replacer la mesure dans la loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026, qui a posé le principe. Le gouvernement avait initialement envisagé des durées plus courtes selon le lieu de prescription, mais le Parlement a retenu un plafond d’un mois dans les deux cas, et surtout l’a inscrit dans la loi plutôt que de laisser une marge de manuvre plus large au seul décret. C’est une nuance politique, le curseur a été débattu et encadré.

Les médecins devront justifier les exceptions et revoir le suivi

Dans un cabinet, ce plafonnement change un réflexe, celui de caler une durée confortable d’emblée pour éviter au patient de revenir trop vite. À partir de septembre 2026, un arrêt initial au-delà de 31 jours devra passer par une exception médicalement justifiée. Concrètement, le prescripteur devra expliquer pourquoi le patient ne peut pas être revu ou pourquoi l’évolution attendue impose une durée plus longue.

Le décret ne dit pas que le médecin perd la main, mais il encadre la décision. Le texte prévoit que la justification figure sur l’arrêt de travail, avec la possibilité de s’appuyer sur des recommandations, par exemple celles de la HAS quand elles existent. Pour un patient opéré avec complications, ou pour une pathologie dont la récupération est imprévisible, le médecin pourra déroger, mais il devra documenter, ce qui prend du temps, et du temps médical, il en manque déjà.

Un autre effet probable tient à la fréquence des consultations. Si un arrêt de deux mois d’un bloc devient plus rare, on peut voir plus de renouvellements, donc plus de rendez-vous, ou plus de téléconsultations. Or, une règle distincte existe déjà, en téléconsultation hors médecin traitant, l’arrêt reste plafonné à 3 jours. Cela peut pousser des patients à chercher des créneaux physiques, alors que l’accès aux soins est tendu dans certaines zones.

Le formalisme est déjà monté d’un cran ces dernières années, avec l’usage d’un Cerfa sécurisé rendu obligatoire depuis le 1er septembre 2025. Le nouveau cadre s’ajoute à cette sécurisation, et les logiciels métier devront intégrer les plafonds pour éviter les erreurs. Un médecin interrogé dans un service de médecine générale résume le risque, on va passer plus de temps à justifier qu’à soigner si on n’a pas d’outils simples.

Les salariés et employeurs anticipent plus de renouvellements et de contrôles

Pour les salariés, le changement sera surtout visible dans le calendrier. Un arrêt initial long deviendra, le plus souvent, un arrêt initial de 31 jours suivi d’une prolongation si nécessaire. Cela veut dire plus de démarches, plus de documents transmis, plus de dates à surveiller. Dans la vraie vie, un salarié en convalescence après une fracture peut devoir retourner chez le médecin plus tôt que prévu, juste pour rester dans les clous administratifs.

Côté entreprise, les équipes RH devront adapter le suivi. Certaines organisations fonctionnent déjà avec des points d’étape, mais d’autres laissent filer un arrêt jusqu’au retour, surtout quand la durée est annoncée longue. Avec le plafond, les prolongations à 62 jours deviennent une étape standard, et cela peut multiplier les échanges entre salarié, médecin, Assurance maladie et employeur. Le risque, c’est une gestion plus lourde, pas forcément plus efficace.

Il y a aussi un enjeu de coût et de prévisibilité. Selon les conventions collectives, l’employeur peut maintenir le salaire au-delà des indemnités, et ce maintien se calcule souvent au jour près. Si les arrêts sont fractionnés en davantage de périodes, les services paie devront être plus rigoureux. Un responsable paie d’une PME industrielle, appelons-le Marc, le dit sans détour, le problème, ce n’est pas la règle, c’est l’empilement des règles.

La mesure peut aussi influencer le climat social, parce qu’elle est facilement perçue comme une suspicion généralisée. Le gouvernement vise la dépense, mais un salarié en burn-out, ou une personne en rééducation, peut vivre la multiplication des renouvellements comme un contrôle permanent. Là, il faut être lucide, si l’accès au médecin est compliqué, le plafonnement peut créer des ruptures de droits par simple retard de rendez-vous, et c’est un angle mort à surveiller.

Accidents du travail, ALD et plafonds existants, les règles s’empilent

Le décret sur les arrêts de travail s’inscrit dans un cadre déjà dense. Pour un arrêt maladie classique, il existe le plafond de 360 jours d’indemnités journalières sur 3 ans glissants. Pour certaines situations, notamment les arrêts en lien avec une ALD, d’autres règles d’indemnisation s’appliquent, avec des durées plus longues. Le nouveau plafonnement ne remplace pas ces dispositifs, il s’ajoute.

Un autre texte, publié le même jour, fixe aussi une borne dans un autre champ, à partir de 2027, la durée maximale de versement des indemnités journalières en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle sera limitée à 4 ans. Cette décision vise encore la soutenabilité financière, mais elle touche des parcours souvent très lourds, avec des séquelles, des reconversions, des expertises médicales répétées.

Dans la pratique, ces empilements peuvent créer de la confusion. Un salarié peut être en arrêt pour une pathologie qui évolue, ou dont le lien avec le travail est discuté. Selon la qualification, les plafonds, les carences, les durées d’indemnisation changent. Pour les médecins, cela implique de mieux expliquer au patient ce qui relève de la prescription médicale et ce qui relève du régime d’indemnisation, deux choses différentes, mais que tout le monde mélange.

La comparaison avec l’avant est nette, auparavant, la durée de prescription pouvait être très longue dès le départ, même si des recommandations existaient. À partir de septembre 2026, l’arrêt long devient un parcours balisé, avec des paliers. Sur le papier, cela favorise un suivi plus régulier. Dans la réalité, tout dépendra de la capacité du système à absorber davantage de consultations, et de la coordination avec la médecine du travail pour préparer, quand c’est possible, un retour progressif ou aménagé.

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Mathias

Rédacteur chez Mobilicites

Rédacteur pour Mobilicités, je couvre les avancées technologiques dans le secteur de la mobilité et du transport. Mes articles se concentrent sur les solutions innovantes et les transformations digitales qui façonnent les infrastructures et les services de transport.

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