En 1995, Céline Sibert rejoint la SNCF comme adjointe au directeur Grandes Lignes, en charge des affaires socio-économiques, puis comme conseiller auprès de directeur général SNCF Alain Poinsot puis Guillaume Pepy. Elle devient directrice de cabinet de Guillaume Pepy de 1999 à 2002.

Après avoir été directrice des relations extérieures et européennes à la direction générale Voyageurs France Europe de 2002 à 2004, elle occupe la fonction de directrice des stratégies de crise de 2004 à 2007.

De 2008 à 2012, elle est secrétaire générale de SNCF Proximités puis devient directrice régionale Transilien Paris Nord, directrice des lignes H, K et B nord chez Transilien SNCF Mobilités en 2012 avant de rejoindre la direction de la Sûreté du groupe public Ferroviaire.