Nommé le 21 janvier 2011 Denis Huneau remplace à ce poste Michel Aymeric, devenu en novembre directeur de cabinet du secrétaire d'Etat aux Transports, Thierry Mariani.
Il a été très brièvement directeur de l'accès au réseau à la toute récente Autorité de régulation des activités ferroviaires (Araf), créée fin 2010, après avoir été sous-directeur de la sécurité et de la régulation ferroviaire à la Direction générale de l'infrastructure, des transports et de la mer.

Créée en 2006 et installée à Amiens, l'EPSF a pour missions la délivrance de certificats de sécurité aux entreprises ferroviaires, l'homologation des nouveaux matériels et le développement de l'interopérabilité des systèmes ferroviaires européens.