Né en 1968 à Marseille, Julien Matabon intègre l’Institut Régional d’Administration de Metz en 1995 après une maîtrise de sciences économiques en 1993. Il rejoint, en 1996, la Direction du Trésor en tant que responsable de la cellule communication-budget du bureau "Trésorerie et Dette de l'Etat" (l'actuelle agence France-Trésor) avec pour mission de promouvoir les titres de l’Etat auprès des différents acteurs économiques, en plus de la réalisation d’analyses macro-économiques dans le domaine des taux d’intérêt.

Puis, toujours au sein de la Direction du Trésor, il est nommé en 1999 adjoint du bureau "Transport et Urbanisme" dans le service qui deviendra l'Agence des participations de l'Etat. Là, il découvre la complexité et les potentialités du système des transports collectifs, particulièrement ceux de l’Ile-de-France, en participant activement à l'exercice du contrôle de l'Etat actionnaire sur la SNCF, la RATP, les aéroports (dont ADP et le Syndicat des Transports parisiens - ce dernier non encore intégré à la région Ile-de-France). Parallèlement, en tant que secrétaire adjoint du Comité des investissements économiques et sociaux, il contribue à préparer les décisions de l'Etat en matière d'attribution des subventions aux entreprises concernées.

En 2002, Julien Matabon devient adjoint au chef de bureau "Territoires et départements d'Outre-mer", avec la tutelle de l'Agence française de développement (AFD) et le suivi de questions monétaires et industrielles en Outre-mer.

Nommé en 2005 chef du bureau des ressources humaines de la Direction générale du Trésor et de la Politique économique, il participe à la mise en oeuvre d'un chantier stratégique pour Bercy à l'époque, celui de la fusion du Trésor, de la DREE et de la direction de la prévision.

Nommé administrateur civil en 2008, il retrouve son domaine de prédilection, les transports, en rejoignant la DGTIM (Direction Générale des Infrastructures, des Transports et de la Mer) où il suit plus particulièrement les transports collectifs en Ile-de-France. Tout en revenant à la tutelle sur la RATP, il travaille aux projets législatifs gouvernementaux, notamment la loi ORTF et la loi "Grand Paris".

En 2012, Julien Matabon est nommé conseiller "services ferroviaires et transports collectifs" au cabinet de Frédéric Cuvillier, Ministre chargé des Transports, de la Mer et de la Pêche. A ces fonctions, outre le suivi de la RATP et de la SNCF, il travaille notamment sur le projet de loi portant réforme ferroviaire et sur le programme du "Nouveau Grand Paris" annoncé en mars 2013 par le précédent chef du gouvernement.